Sistem güvenliği, Ankara Metrosu sisteminin tamamını kapsayan çeşitli donanımlar ve tasarım özellikleriyle sağlanmaktadır. Telekomünikasyon tesisleri vasıtasıyla, sistemin bütün özelliklerini izleyen ve denetleyen geniş kapsamlı bir ağ oluşturulmuştur. Üç telsiz şebekesi ve bir telefon sistemi vasıtasıyla İşletme Merkezi ile çok yönlü bir iletişim imkânı sağlanmıştır. Kapalı devre televizyon sistemi (CCTV) sayesinde bütün istasyon platformlarının, yürüyen merdivenlerin ve ücret toplama alanlarının izlenmesi mümkün olmaktadır. Bir acil durumda, istasyonlardan veya İşletme Merkezinden bir ya da daha çok istasyonda, Genel Anons (PA) sistemi vasıtasıyla anonslar yapılabilir. Bunun yanı sıra Denetsel Kumanda ve Veri Toplama Sistemi (SCADA) ile hatyolu, trafo merkezleri, İşletme ve Bakım Merkezi tesisleri ve yolcu istasyonlarındaki donanımı (ör. Duman detektörleri, izinsiz giriş kapı alarmları v.s.) sürekli olarak izlenip, denetlenmektedir.

Güvenlik görevlileri, istasyonların güvenliğini sağlamaktan sorumludurlar. Bu görevliler istasyon görevlileri ile birlikte, istasyon işletmesini bütün yönleri ile denetler ve acil durumlarda, tren ve istasyonların boşaltılması dâhil olmak üzere bütün faaliyetleri yönlendirirler. Bütün istasyonlarda, tahliye amacıyla kullanılmak üzere acil durum çıkış kapıları vardır. İstasyon dâhilindeki bütün kapılarda ve platform uçlarında sadece yetkili kişilerin girebilmesini sağlamak için kilitler ve İşletme Merkezini uyaran izinsiz giriş alarm tertibatı bulunmaktadır. Sadece belirli personelin girmesine izin verilen bölgeler, diğer işletme ve bakım personelinin girmesini önlemek amacıyla, kademeli bir anahtar/kilit sistemi ile donatılmıştır.

İBM alanı (Depo ve Atölyeler), güvenliğin sağlanması açısından tel örgü ile çevrilmiştir. İBM'ye girişler, giriş kapısındaki kapı kontrol binasında bulunan güvenlik görevlileri tarafından kontrol edilir. Yol bilgisayarları (trende bulunan bilgisayarların dışındaki bilgisayarlar) ve diğer kumanda donanımı İBM idare binasının üçüncü katında, İşletme Merkezinin yanındaki klimalı bir odaya yerleştirilmiştir. Gerek bu oda, gerekse İşletme Merkezinin bulunduğu oda, sadece görevli personelin girebileceği kısıtlanmış bölgelerdir.